No futuro distante, a humanidade encontrou uma maneira de viver para sempre comprando corpos mecânicos, mas o caminho para a imortalidade é extraordinariamente caro. Um menino empobrecido, Tetsurou Hoshino, deseja comprar um passe no Galaxy Express 999 – um trem que percorre todo o universo – porque se diz que no final da linha, aqueles a bordo podem obter um corpo mecânico de graça. Quando a mãe de Tetsurou é morta a tiros pelo vilão Mecha, o híbrido de Mecha, tudo parece perdido.

Tetsurou é salvo da morte certa pelo misterioso Maetel, uma mulher alta com cabelos loiros e uma notável semelhança com sua mãe. Ela lhe dá um passe para o Galaxy Express sob uma condição: que eles viajem juntos. Assim, Tetsurou começa sua jornada através do universo para muitos planetas únicos e aventuras emocionantes, na esperança de ser capaz de atingir o que ele mais deseja.

(Auto Tradução / Temporário)