Em um futuro em que humanos buscam corpos mecânicos para alcançar a imortalidade, o jovem Tetsurou Hoshino embarca no misterioso trem espacial 999 ao lado da enigmática Maetel. Viajando entre estrelas e planetas distantes, ele presencia diferentes formas de vida e sociedades marcadas por desigualdade e sacrifícios. Cada parada apresenta dilemas morais que o fazem questionar o verdadeiro valor da vida eterna e o preço da humanidade. Enquanto se aproxima do destino final, Tetsurou precisa decidir que tipo de futuro deseja para si e para o universo.