Em Glass no Clair Tetsurou reencontra Clair uma misteriosa garota de vidro que viaja no Ginga Tetsudou 999 em busca de um propósito. Enquanto cruzam o espaço eles enfrentam perigos e dilemas sobre a fragilidade da vida e o desejo de um corpo mecânico. A jornada revela o passado de Clair e sua conexão com o trem estelar levando Tetsurou a refletir sobre humanidade sacrifício e o valor dos sentimentos.