Algum tempo no século XXI na Terra, Galaxy Express 999 destinado a Great Andromeda está prestes a partir. Uma menina misteriosa, Jula, de repente aparece na frente de Maetel e Tetsuro que estão visitando um museu. Depois de prever a queda da raça humana, Jula desapareceu no espaço exterior. Matel e Tetsuro seguem sua equitação no 999. Tetsuro encontra Jula no asteróide Itokawa, que uma vez foi explorado pela sonda Hayabusa. Jula desaparece novamente no espaço, mas sua espaçonave cai em um asteróide, caindo para Júpiter. Tetsuro será capaz de resgatar Jula? O que Jula quer dizer com a "queda da raça humana"? Transcendendo espaço e tempo, esta é a saga do 999 viajando entre as estrelas em nosso sistema solar.

(Fonte: Toei Animation)

(Auto Tradução / Temporário)