Em um futuro distante, a frota espacial Macross Frontier viaja pelo universo em busca de um novo lar para a humanidade. O jovem piloto Alto Saotome se vê envolvido em uma guerra contra misteriosas criaturas alienígenas chamadas Vajra. Entre batalhas espaciais e intrigas políticas, surge um triângulo amoroso entre Alto, a estrela pop Sheryl Nome e a aspirante a cantora Ranka Lee. Enquanto a música se torna arma e esperança, o destino da frota e o segredo dos Vajra são revelados.