Em meio à guerra contra os Vajra, Alto, Sheryl e Ranka enfrentam sentimentos conflitantes enquanto o destino da frota Macross Frontier se decide. Sheryl luta contra uma doença misteriosa e continua a cantar, mesmo à beira do colapso. Ranka cresce como ídolo e ganha nova força em sua voz. Conspirações políticas e militares tentam controlar o poder dos Vajra. No clímax, amor, sacrifício e música se unem em uma batalha final que definirá o futuro da humanidade e o laço entre os três.