Em um futuro distante, a frota colonial Macross Frontier viaja pelo espaço em busca de um novo lar quando é atacada por misteriosas criaturas alienígenas chamadas Vajra. No meio do caos, o jovem piloto Alto Saotome conhece a idol galáctica Sheryl Nome e a tímida Ranka Lee, cujas vozes podem mudar o destino da guerra. Entre batalhas espetaculares, intrigas políticas e romances complicados, o trio descobre segredos sobre a origem dos Vajra e o verdadeiro poder da música.