Em um futuro distante, a frota colonial Macross Frontier viaja pelo espaço em busca de um novo lar. A vida pacífica é abalada por misteriosos ataques alienígenas, colocando em risco humanos e Zentradi. No meio do caos, o jovem piloto Alto Saotome se envolve com a idol galáctica Sheryl Nome e a aspirante a cantora Ranka Lee. Entre batalhas espetaculares, intrigas políticas e canções que podem mudar o rumo da guerra, o trio descobre segredos que ligam música, cultura e sobrevivência de toda a humanidade.