Três garotas de colégios diferentes são transportadas para o mundo mágico de Cefiro durante uma excursão à Torre de Tóquio. Lá elas descobrem que foram escolhidas como Magic Knights para salvar a Princesa Emeraude e restaurar o equilíbrio do reino. Para cumprir sua missão precisam despertar poderes adormecidos enfrentar monstros perigosos e encontrar lendárias máquinas de guerra chamadas Mashin. Enquanto lutam para amadurecer e fortalecer sua amizade as três acabam se envolvendo em um destino trágico que desafia a noção de herói vilão e sacrifício.