Três garotas do ensino médio, a explosiva Hikaru Shidou, a metida Umi Ryuuzaki e a delicada Fuu Hououji, tão só se esbarram na Torre de Tóquio e, de repente, ouvem um pedido de socorro que puxa as três para outro mundo. Lá, elas dão de cara com o Guru Clef, um sujeito de aparência jovem que conta que, na real, elas são as lendárias Guerreiras Mágicas, convocadas pela Princesa Emeraude para salvar a terra mágica chamada Cephiro.

Enquanto Hikaru acha tudo aquilo uma baita aventura, Umi e Fuu só pensam em voltar pra casa. Só que, pra azar delas, Clef deixa claro que não tem volta antes de salvarem Cephiro e darem um fim nos monstros que estão tocando o terror por lá. Pra isso, precisam resgatar a Princesa Emeraude das garras do poderoso Lord Zagato. Se quiserem ter alguma chance contra ele, vão ter que despertar criaturas enigmáticas conhecidas como Deuses Runa.

Quando Clef entrega armaduras e poderes mágicos pro trio, um dos capangas de Zagato ataca, obrigando o guru a mandar as garotas correndo para o ferreiro Presea e para o guia Mokona, uma criaturinha parecida com um coelho, que vão ajudar a equipá-las melhor pra jornada. O caminho é longo e cheio de pedra, mas Hikaru, Umi e Fuu vão mostrar que não estão pra brincadeira, que honram o título de Guerreiras Mágicas e que podem ser a luz no fim do túnel para Cephiro.