Lan Hikari e MegaMan.EXE enfrentam uma nova ameaça quando os misteriosos Beast Link Gates abrem caminho para o retorno dos ferozes Cybeasts. Em meio a batalhas intensas no mundo digital e no mundo real, aliados antigos e novos se unem para impedir que o poder destrutivo dessas criaturas cause o colapso da Net Society. Enquanto investigam conspirações envolvendo organizações sombrias e tecnologias perigosas, Lan e MegaMan precisam superar limites e fortalecer ainda mais sua parceria para proteger amigos, família e todo o ciberespaço.