Em Rockman.EXE Beast, Lan e MegaMan são transportados para Beyondard, um mundo paralelo dominado por feras cibernéticas chamadas Cybeasts. Lá, eles encontram versões alternativas de amigos e inimigos enquanto tentam impedir que as poderosas criaturas Gregar e Falzar destruam ambos os mundos. Em meio a batalhas intensas, novas fusões e alianças inesperadas, Lan precisa amadurecer e confiar ainda mais em MegaMan para enfrentar ameaças cada vez maiores e desvendar o mistério por trás das Cybeasts.