Em um futuro conectado por ondas EM, Geo Stelar é um garoto solitário que sofre com o desaparecimento do pai astronauta. Sua vida muda ao encontrar Omega-Xis, um ser alienígena EM. Juntos, eles se fundem e se tornam Mega Man, um herói capaz de lutar no mundo das ondas. Geo enfrenta vírus digitais e inimigos misteriosos enquanto descobre segredos sobre seu pai e a ameaça que ronda a Terra.