Na continuação da luta pela sobrevivência da humanidade, Nagate Tanikaze retorna como herói de Sidonia enquanto a nave colonizadora se aproxima do planeta Lem. Novas armas e pilotos são preparados para enfrentar os misteriosos Gauna, que evoluem de forma imprevisível. Conflitos políticos internos, segredos sobre a origem dos inimigos e dilemas sobre identidade humana e clonagem intensificam a tensão. Em meio a batalhas espaciais colossais e descobertas chocantes, Nagate e seus aliados precisam decidir até onde irão para garantir um futuro para a espécie humana.