A humanidade sobrevive em Sidonia, uma gigantesca nave que vaga pelo espaço após a destruição da Terra pelos Gauna, misteriosas formas de vida alienígenas. Em meio a conflitos políticos e segredos genéticos, jovens pilotos treinam para defender o que resta da espécie humana usando mechas chamados Gardes. Entre batalhas intensas e descobertas perturbadoras, o protagonista precisa encarar sua origem e o peso de ser a última esperança da humanidade.