Motoko Kusanagi agora integra uma unidade de segurança privada e mantém um relacionamento com o agente da Seção 1, Akira Hose. Enquanto investiga uma série de atentados ligados a uma organização terrorista chamada Scylla, ela descobre conexões com armas cibernéticas ilegais e um misterioso projeto envolvendo próteses corporais avançadas. Conforme o caso se aprofunda, Motoko confronta memórias fragmentadas e segredos sobre sua própria origem, questionando a linha entre humanidade e máquina. A equipe da futura Seção 9 precisa impedir um ataque em larga escala que pode abalar o frágil equilíbrio político mundial.