Motoko Kusanagi e sua equipe em formação investigam um misterioso incidente envolvendo um soldado supostamente morto em combate que reaparece vivo. Enquanto tentam desvendar a verdade por trás de um complô militar e de armas cibernéticas ilegais, eles enfrentam hackers habilidosos e interesses políticos obscuros. A investigação coloca em xeque a confiança entre humanos e ciborgues e aprofunda os laços da futura Seção 9.
