Em um futuro dominado por redes cibernéticas, Motoko Kusanagi atua de forma independente após se afastar da Seção 9. Ela investiga uma série de ataques terroristas ligados ao vírus Fire Starter e a uma misteriosa figura chamada Pyromania. Enquanto tenta impedir um grande atentado durante uma eleição, Motoko confronta conspirações políticas, manipulação de memórias e o próprio significado de identidade. A trama aprofunda a formação da equipe que se tornará a Seção 9 e mostra o amadurecimento de Motoko como líder em um mundo onde a linha entre humano e máquina é cada vez mais tênue.