Em um futuro cyberpunk, a jovem Major Motoko Kusanagi atua em operações especiais investigando terrorismo cibernético e conspirações militares. Após um atentado envolvendo um misterioso suicídio em massa, ela começa a questionar as ordens superiores e a própria identidade. Enquanto enfrenta hackers avançados e ciborgues de combate, Motoko se aproxima dos futuros membros da Seção 9. A investigação revela segredos sobre experimentos ilegais, manipulação de memórias e o passado obscuro da protagonista, colocando em xeque a linha entre humano e máquina.