Kanji Sasahara é um iniciante de faculdade introvertida, apenas procurando um lugar para se encaixar. Um dia, ele tropeça no clube conhecido como Sociedade para o Estudo da Cultura Visual Moderna – também conhecido como Genshiken – que serve para trazer todo o espectro da cultura otaku juntos. Sua primeira visita ao clube, no entanto, não termina bem, pois o orgulho de Sasahara é esmagado por seu namorado, Harunobu Madarame, e ele sai do encontro em plena negação de sua natureza otaku. No entanto, depois de se tornar amigo do membro do clube, Makoto Kousaka, que se torna um otaku hardcore, apesar de sua aparência, Sasahara se envolve mais com as atividades do clube, que incluem obsessão pelo seu anime favorito, leitura de doujinshi e convenções. Lá, ele conhece outras pessoas interessantes, como a noiva veemente, não-otaku de Kousaka, Saki Kasukabe, que se esforça para transformar seu namorado em um "cara normal".

Enquanto Saki se esforça para entender a cultura otaku e o amor de seu namorado por isso, Sasahara encontra-se desfrutando de seu tempo em Genshiken, gradualmente derrubando qualquer negação que ele já teve sobre ser um otaku e imergindo-se em um estilo de vida otaku.

(Auto Tradução / Temporário)