Na segunda temporada, Lelouch retorna com memórias restauradas e retoma o papel de Zero para liderar a Ordem dos Cavaleiros Negros contra o Império de Britannia. Enquanto esconde sua identidade de amigos e inimigos, ele aprofunda o uso do poder Geass e enfrenta novos oponentes, incluindo seu irmão e antigos aliados. Conflitos políticos, batalhas de mechas e reviravoltas morais intensificam a luta por liberdade e vingança, levando Lelouch a decisões extremas que podem mudar o mundo para sempre.