Em Vandread, os homens são de Marte e as mulheres são de Vênus! Bem, não é bem assim. A tecnologia permitiu que a humanidade colonizasse toda a galáxia da Via Láctea, e em um sistema estelar, os homens e mulheres vivem em dois planetas diferentes, Taraak e Mejere. Uma guerra de gênero amarga e muito literal se intensifica, a ponto de eles não se verem mais como as outras espécies!

Hibiki Tokai, um trabalhador de terceira classe de Taraak, acaba preso em um navio de guerra depois de uma tentativa fracassada de roubar um robô. Quando mulheres piratas capturam a Vanguarda Taraakiana, as coisas não parecem piorar para o Hibiki. Infelizmente, eles fazem; quando a tripulação masculina do fogo da Vanguarda em seu navio capturado, por desespero, eles criaram um gigantesco buraco de minhoca, que suga os navios da Vanguarda e do pirata Mejeran em si! Agora, presos longe de seus planetas, esses homens e mulheres devem aprender a trabalhar juntos se quiserem voltar para casa.