Shakugan no Shana II continua a história de Yuji e Shana após a batalha contra os Tomogara. Enquanto tentam levar uma vida escolar aparentemente normal, novos inimigos surgem e um misterioso plano começa a envolver Yuji. Shana enfrenta seus sentimentos conflitantes por ele ao mesmo tempo em que precisa protegê lo de forças que desejam seu poder especial. Intrigas, alianças inesperadas e revelações sobre o passado dos Flame Haze intensificam o conflito, levando o relacionamento dos protagonistas a um ponto decisivo.