Na terceira temporada a guerra entre Flame Hazes e Denizens atinge seu auge. Yuji desaparece e retorna como líder de Bal Masqué agora visto como inimigo da humanidade. Shana precisa enfrentar seus próprios sentimentos enquanto luta contra o garoto que ama. O conflito se espalha pelo mundo com batalhas intensas e revelações sobre o verdadeiro objetivo dos Tomogara. O destino da realidade e o futuro de Yuji e Shana serão decididos em um confronto final repleto de sacrifícios escolhas difíceis e esperança.