"Persona 5 the Animation" segue a história de um grupo de estudantes do ensino médio que vivem em Tóquio e possuem o poder de entrar no Metaverso, um mundo paralelo nascido das distorções dos corações humanos. O protagonista, conhecido simplesmente como Joker, transfere-se para a Shujin Academy após ser colocado em liberdade condicional por um crime que não cometeu. Ao longo de sua jornada, ele e outros alunos despertam seus poderes Persona e formam os "Phantom Thieves of Hearts", um grupo dedicado a enfrentar a corrupção e a injustiça, roubando o coração corrupto dos adultos para mudar e melhorar a sociedade. Enquanto exploram o Metaverso, eles enfrentam vários desafios, descobrem verdades sombrias e lutam contra inimigos poderosos, tudo isso enquanto lidam com os dilemas e problemas da vida cotidiana de adolescentes.