Makoto Yuki chega à cidade de Iwatodai e descobre a Hora Sombria, um período oculto entre um dia e outro em que monstros chamados Shadows atacam humanos. Ao ingressar no grupo SEES, ele aprende a usar seu Persona para enfrentar essas criaturas e investigar a origem desse fenômeno. Enquanto se adapta à nova escola e aos colegas, Makoto precisa encarar a própria apatia e decidir que sentido dará à sua vida em meio às batalhas noturnas que podem definir o destino da humanidade.