Na segunda temporada de Bungou Stray Dogs, o foco retorna ao passado de Dazai durante seus dias na Máfia do Porto, revelando segredos sobre sua antiga parceria com Sakunosuke Oda e a origem de sua mudança de vida. Em paralelo, no presente, a Agência de Detetives Armados enfrenta a organização Guilda, que ameaça Yokohama com um plano devastador. Conflitos entre Máfia, Agência e Guilda se intensificam, expondo alianças frágeis, poderes sobrenaturais ainda mais perigosos e escolhas morais que podem decidir o futuro da cidade.