Em Bungou Stray Dogs: Dead Apple, uma misteriosa névoa envolve a cidade e leva usuários de habilidades especiais a cometer suicídio. Atsushi e seus aliados da Agência de Detetives Armados investigam o fenômeno, que parece estar ligado a um homem enigmático chamado Tatsuhiko Shibusawa. Enquanto a Máfia do Porto e outras facções entram em conflito, segredos sobre as habilidades e o passado de alguns personagens vêm à tona. A equipe precisa enfrentar ilusões perigosas e confrontar seus próprios medos para impedir uma catástrofe que pode exterminar todos os usuários de poderes.