Anos após os eventos anteriores, Nanoha Takamachi atua como instrutora na Força de Resgate Mágico junto de Fate e Hayate. Elas treinam novos recrutas talentosos como Subaru e Teana para enfrentar ameaças dimensionais crescentes. Enquanto a equipe cresce em força e laços de amizade, surge uma conspiração envolvendo tecnologia proibida e armas vivas. Nanoha e seus aliados precisam proteger inocentes e impedir um desastre em larga escala, equilibrando dever, treinamento rigoroso e o peso de suas responsabilidades como veteranas em um mundo em constante mudança.