Grisaia no Rakuen começa logo no final da parcela anterior, Grisaia no Meikyuu . Kazami Yuuji é preso sob suspeita de terrorismo. Um vídeo mostrando provas aparentemente concretas de que Yuuji cometeu esses atos, e ele é mantido sob custódia por Ichigaya.

Ichigaya sabe muito bem que Yuuji não cometeu os crimes de que foi acusado. Mas ele não conseguiu assassinar Heath Oslo, que é o líder da organização terrorista com uma arma extremamente devastadora em sua posse. Na verdade, Ichigaya tem seus próprios planos para Yuuji …

Mas nem tudo pode ser perdido por Yuuji. As garotas da Academia Mihama não estão dispostas a deixar Yuuji ser usado para ganhos políticos, e nem a nova figura misteriosa que aparece diante delas.

(Auto Tradução / Temporário)