Yuuji Kazami enfrenta as consequências de seu passado enquanto suas aliadas se preparam para resgatá lo de uma organização implacável. Nos especiais de Grisaia no Rakuen momentos extras revelam o cotidiano descontraído do grupo com cenas cômicas e situações inusitadas que contrastam com a trama principal. Essas histórias curtas aprofundam os laços entre Yuuji e as garotas mostrando seu lado mais humano e vulnerável.