Quando a lua passa a ser um crescente permanente, uma criatura misteriosa surge e diz ter sido a grande culpada de tal acontecimento. Esta criatura passa a ser responsável pela turma 3E de Kunugigaoka Middle School, tendo de lhes dar aulas, ao mesmo tempo, os alunos ficam responsáveis por matar tal criatura a fim de evitar que aconteça com a Terra o que aconteceu com a lua. Os alunos acabam por lhe dar o nome de Koro-sensei, devido à capacidade de voar e de deslocar-se a uma velocidade máxima de Mach 20. Contudo apesar de ser um monstro estranho a turma 3E reconhece-o como o melhor professor que tiveram, será que isto vai fazer com que não consigam cumprir a sua missão antes que o fim da Terra chegue?