Koro-sensei aparece subitamente diante da turma 3-E e propõe um desafio especial ligado ao futuro da classe e à destruição da Lua. Os alunos precisam usar tudo o que aprenderam sobre assassinato e trabalho em equipe para superar provas inusitadas e entender melhor as motivações de seu professor inusitado. Entre planos falhos, momentos cômicos e tensão crescente, a turma fortalece seus laços enquanto tenta cumprir a missão de eliminar Koro-sensei antes que o prazo acabe.