Em uma ilha isolada, Tatsumiyajima, jovens vivem em aparente paz até a chegada dos Festum, misteriosas formas de vida que atacam a humanidade. A verdade surge quando a ilha revela ser uma base secreta com robôs gigantes chamados Fafners, pilotados pelos próprios adolescentes. Kazuki Makabe é forçado a lutar para proteger seus amigos e seu lar, enquanto descobre segredos sobre sua origem, o destino da humanidade e a natureza dos inimigos. Entre batalhas intensas e sacrifícios dolorosos, o grupo enfrenta o peso de crescer em meio à guerra.