Genshiken Nidaime acompanha a nova geração do clube de cultura visual moderna da universidade. Com antigos membros formados, o grupo recebe calouros apaixonados por anime, mangá e jogos, incluindo fãs de yaoi e cosplayers. O protagonista Hato é um garoto que se veste como garota para participar do clube, gerando conflitos internos e questionamentos sobre identidade. Entre eventos otaku, convenções e discussões acaloradas, os membros enfrentam amizades, romances e inseguranças enquanto tentam conciliar suas paixões com a vida universitária e o futuro.