Ash continua sua jornada em Unova ao lado de Iris e Cilan, mas agora se envolve em um conflito sombrio com a Equipe Plasma. Eles conhecem N, um misterioso jovem que entende profundamente o coração dos Pokémon e questiona o vínculo entre humanos e criaturas. Enquanto descobrem segredos sobre Reshiram, Zekrom e experimentos com Pokémon, Ash e seus amigos precisam impedir os planos da Equipe Plasma e proteger a região. A temporada explora dilemas morais, amizade e confiança entre treinadores e Pokémon em meio a batalhas intensas e revelações importantes.