Em um Japão alternativo da era Meiji, humanos e espíritos passam a coexistir após a abertura do país ao Ocidente. Para manter a paz é criada uma unidade especial que une oficiais militares humanos e garotas meio youkai. Zakuro, uma dessas garotas, desconfia profundamente dos humanos mas precisa trabalhar com o tímido tenente Kei Agemaki. Enquanto enfrentam casos envolvendo criaturas sobrenaturais e preconceitos de ambos os lados, eles descobrem segredos sobre o passado de Zakuro e o verdadeiro papel dos híbridos nesse novo mundo em transformação.