Depois que o Líder X é aparentemente destruído para sempre no final de Gatchaman II, um fragmento dele que sobrevive cresce e se transforma em Z. Com o chefe da família Egobossler, Conde Egobossler (e seus dois subordinados Mechandol e Kempler), Z é dobrado destruindo a Terra, e a equipe Science Ninja, mais uma vez.

Na esteira da morte de Anderson, Dr. Nambu se tornou o novo chefe da ISO, enquanto a equipe agora está confinada à base submarina de Gallatown (vulgo "G-Town"). O engenheiro Kamo é apresentado, e depois que o New GodPhoenix é destruído no início, a equipe recebe o novo Gatchaspartan como seu mecha. O Gatchaspartan também tem um modo especial, chamado Hypershoot, que só pode ser utilizado por Ken (com sua nova espada "Gatchafencer").

Conforme a série progride, é aprendido que a exposição à radiação do uso constante do Hypershoot está matando Ken lentamente, e que o uso continuado significaria a morte. Enquanto isso, Z planeja destruir a Terra com um asteróide de antimatéria, codinome "Poison Apple".

(Auto Tradução / Temporário)