A equipe Science Ninja retorna para enfrentar uma nova ameaça do ressurgente Galactor, agora liderado pelo misterioso Gel Sadra. Após a aparente derrota de Sosuke, Ken assume ainda mais a liderança enquanto o grupo lida com conflitos internos e desafios tecnológicos. Novas armas e veículos são introduzidos, ampliando o escopo das batalhas. Em meio a conspirações globais, os heróis precisam proteger a Terra de planos cada vez mais destrutivos, ao mesmo tempo em que confrontam segredos do passado e o verdadeiro propósito por trás da organização inimiga.