A humanidade enfrenta nova ameaça quando o misterioso Império Gatlantis surge após a restauração da Terra. A tripulação da Yamato precisa voltar ao espaço contrariando ordens da Federação Terrestre para descobrir a verdade por trás da guerra iminente. Enquanto antigos aliados se tornam adversários e segredos sobre o Cosmo Reverser vêm à tona, Kodai e Yuki lutam para proteger a paz conquistada com sacrifício. Em meio a batalhas colossais e dilemas morais o destino do universo e o significado do amor e do sacrifício são colocados à prova.