Em um colégio interno feminino, as irmãs gêmeas Yukino e Kanade Sakurai vivem juntas enquanto lidam com estudos, amizade e sentimentos que vão além do laço familiar. Candy☆Boy: Side Story For Archive apresenta pequenos episódios do cotidiano das duas, explorando momentos íntimos, ciúmes discretos e a presença de colegas que complicam suas emoções. Entre conversas no dormitório e encontros no corredor da escola, a relação das irmãs é colocada à prova, revelando um amor delicado e silencioso que precisa encontrar seu lugar em meio às expectativas e à rotina escolar.