Candy Boy acompanha o cotidiano de Kanade e Yukino, irmãs gêmeas que estudam em Tóquio e moram juntas em um dormitório. Entre aulas, refeições e viagens de trem, as duas vivem momentos sutis de carinho e ciúmes, explorando um vínculo que ultrapassa a simples relação fraterna. A presença de uma colega mais nova apaixonada por Kanade adiciona situações cômicas e constrangedoras, enquanto o trio lida com sentimentos confusos e descobertas afetivas. A história foca em diálogos tranquilos e cenas do dia a dia, destacando a intimidade e a delicadeza das relações entre as personagens.