Em Evangelion 3.0: You Can (Not) Redo, Shinji desperta após anos em coma e encontra um mundo devastado e irreconhecível. Considerado responsável pelo desastre anterior, ele é rejeitado por antigos aliados e manipulado por novas forças misteriosas. Confuso e desesperado, Shinji busca redenção ao lado de Kaworu, que lhe oferece uma chance de corrigir seus erros. No entanto, suas escolhas podem desencadear consequências ainda mais catastróficas para a humanidade e para os poucos laços que lhe restam.