Em Ginga Tetsudou 999: Eternal Fantasy, Tetsurou continua sua jornada pelo espaço a bordo do lendário trem intergaláctico em busca de um corpo mecânico e de respostas sobre seu destino. Ao lado de Maetel, ele enfrenta novos perigos cósmicos, reencontra figuras marcantes de sua vida e confronta segredos sombrios que envolvem o universo e sua própria humanidade. A viagem se torna uma reflexão sobre imortalidade, sacrifício e o verdadeiro valor de permanecer humano em meio a um futuro dominado por máquinas e impérios estelares em conflito.