Em um mundo devastado por um cataclismo, a humanidade se refugia em Tóquio 3, constantemente atacada por misteriosas criaturas chamadas Anjos. O jovem Shinji Ikari é convocado por seu distante pai para pilotar o mecha gigante Evangelion Unidade 01 e defender a cidade. Inseguro e solitário, ele precisa enfrentar seus traumas enquanto luta ao lado da enigmática Rei Ayanami. Conforme os combates se intensificam, segredos sombrios sobre a organização NERV e o verdadeiro propósito dos Evangelions começam a emergir, colocando em dúvida o futuro da humanidade.