Takashi Natsume passa alguns dias na antiga cidade de seu falecido avô, onde conhece a enérgica menina Tōko e descobre histórias ligadas ao Livro de Amigos. Enquanto estranhos acontecimentos envolvem um misterioso youkai e memórias esquecidas, Natsume precisa decidir como proteger humanos e espíritos. Com a ajuda de Nyanko sensei e de velhos conhecidos, ele enfrenta o passado e fortalece seus laços. O filme explora saudade, pertencimento e a delicada convivência entre mundos diferentes.