Após anos dado como morto, Lelouch retorna em segredo enquanto o mundo tenta se reerguer após a Zero Requiem. C.C. o acompanha em uma jornada perigosa para resgatar Nunnally e Suzaku que foram sequestrados durante uma missão diplomática. Novos inimigos surgem em meio a conflitos políticos e religiosos envolvendo o poder do Geass. Lelouch precisa enfrentar seu passado e decidir se voltará a ser o vilão salvador que sacrificou tudo pela paz ou se encontrará um novo caminho para proteger aqueles que ama.