Black Jack the Movie acompanha o brilhante cirurgião clandestino Black Jack, que atua à margem da lei aceitando casos impossíveis por altas quantias. Quando um grupo de jovens atletas começa a exibir habilidades sobre‑humanas e, em seguida, sofre colapsos misteriosos, ele é envolvido em uma conspiração ligada a experimentos genéticos e interesses corporativos. Enquanto investiga a origem desses poderes e tenta salvar os pacientes, Black Jack confronta dilemas éticos profundos sobre o valor da vida humana, a ambição científica e o preço de desafiar a natureza.