Ninja Hattori viaja com Kenichi e seus amigos até a terra natal dos ninjas, onde descobre que o vilarejo está em perigo por causa de inimigos misteriosos que querem dominar a região. Usando suas habilidades secretas, Hattori organiza uma grande operação para proteger sua família e suas tradições, enfrentando armadilhas, rivais e desafios cômicos. Enquanto luta para salvar o vilarejo, ele ensina a Kenichi importantes lições sobre coragem, amizade e responsabilidade, mostrando que o verdadeiro espírito ninja está em ajudar os outros e nunca desistir, mesmo diante das missões mais difíceis.