Em um mundo onde a humanidade vive em vilas subterrâneas, Simon e Kamina sonham em alcançar a superfície. Após encontrar o mecha Lagann, eles rompem o teto de pedra e descobrem um céu repleto de perigos e possibilidades. Juntos com a atiradora Yoko, enfrentam os Beastmen e seus robôs gigantes, desafiando a tirania que domina a superfície. O filme recompila os primeiros eventos da série com novas cenas, batalhas mais intensas e foco na evolução de Simon de garoto tímido a herói que começa a acreditar em si mesmo.